Chủng nấm men chính trong lên men nem chua là:

Trong quá trình lên men nem chua, lipit bị chuyển hóa bởi các enzyme lipase có trong thịt hoặc vi sinh vật. Quá trình này tạo ra acid béo tự do và các sản phẩm thứ cấp khác. Một phần acid béo tự do có thể bị oxy hóa tạo thành peroxid. Các peroxid này sau đó tiếp tục bị phân hủy thành các chất bay hơi tạo mùi đặc trưng cho nem chua. Vì vậy, acid béo tự do và peroxid đều là sản phẩm trực tiếp hoặc gián tiếp của quá trình chuyển hóa lipit.

Axit pyruvic chuyển hóa thành axit lactic trong quá trình lên men lactic nhờ xúc tác của enzyme lactate dehydrogenase. Enzyme này sử dụng NADH để khử axit pyruvic thành axit lactic, đồng thời tái tạo NAD+ cần thiết cho quá trình đường phân tiếp tục diễn ra.

Quá trình lên men nem chua là một quá trình diễn ra trong môi trường ít nước, nơi các vi sinh vật như vi khuẩn lactic hoạt động để chuyển hóa các chất dinh dưỡng. Sự phân giải chất béo (lipolysis) cũng diễn ra trong môi trường này, mặc dù hoạt độ nước thấp có thể hạn chế tốc độ phản ứng. Môi trường nước, rắn hoặc khí không phù hợp cho quá trình lên men nem chua và phân giải chất béo diễn ra hiệu quả.