Quá trình chuyển hóa protein trong giai đoạn lên men nem chua do các vi khuẩn nào tham gia sau đây:

Saccharomyces cerevisiae là một loài nấm men được sử dụng rộng rãi trong sản xuất rượu vang và các đồ uống có cồn khác. Trong quá trình lên men rượu vang, Saccharomyces cerevisiae tạo ra các este và các hợp chất hương thơm khác, góp phần tạo nên mùi vị đặc trưng của rượu vang. Các loài Saccharomyces khác cũng có thể tham gia vào quá trình lên men, nhưng Saccharomyces cerevisiae thường là loài chiếm ưu thế và có vai trò quan trọng nhất trong việc tạo ra hương vị đặc trưng.

Vi khuẩn lactic lên men dị hình sử dụng con đường pentose phosphate thay vì con đường Embden-Meyerhof-Parnas (EMP). Con đường EMP sử dụng các enzyme aldolase và triose phosphate isomerase. Do đó, vi khuẩn lactic lên men dị hình không có aldolase và triose phosphate isomerase. Lactate dehydrogenase vẫn cần thiết để khử pyruvate thành lactate.

Saccharomyces oviformics và Saccharomyces cerevisiae là hai loài nấm men khác nhau với một số đặc điểm phân biệt. Điểm khác biệt quan trọng nhất là S. oviformics có khả năng chịu được nồng độ cồn cao hơn so với S. cerevisiae. Đặc điểm này làm cho S. oviformics đặc biệt phù hợp cho việc sản xuất các loại đồ uống có cồn với nồng độ cao, chẳng hạn như rượu vang.

Saccharomyces cerevisiae là loài nấm men quan trọng nhất và được sử dụng rộng rãi trong quá trình lên men rượu vang. Các loài nấm men khác có thể tham gia vào các giai đoạn đầu của quá trình lên men hoặc có thể góp phần tạo ra hương vị phức tạp cho rượu vang, nhưng Saccharomyces cerevisiae thường là loài chiếm ưu thế và chịu trách nhiệm chính cho việc chuyển đổi đường thành rượu.