Cơ quan quản lý thuế thực hiện hoàn thuế đối với trường hợp:

Theo quy định của pháp luật về khiếu nại, thời hạn giải quyết khiếu nại lần đầu đối với vùng sâu, vùng xa, đi lại khó khăn (trừ vụ việc phức tạp) là không quá 45 ngày kể từ ngày thụ lý để giải quyết.

Theo quy định của Luật Khiếu nại, người khiếu nại phải là người bị tác động trực tiếp bởi quyết định hành chính hoặc hành vi hành chính mà họ khiếu nại. Trong trường hợp này, Công ty TNHH A là đối tượng bị ảnh hưởng trực tiếp bởi quyết định xử lý vi phạm hành chính của Cục Thuế. Do đó, công ty có quyền khiếu nại. Việc Phó Giám đốc ký đơn khiếu nại là hợp lệ vì họ là người đại diện theo pháp luật hoặc là người được ủy quyền hợp pháp của công ty. Nếu đơn khiếu nại được nộp trong thời hiệu và đáp ứng các yêu cầu về hình thức và nội dung theo quy định, Cục Thuế phải thụ lý để giải quyết.

Doanh thu tính thuế TNDN theo phương pháp trực tiếp là toàn bộ tiền bán hàng hóa, dịch vụ, không bao gồm thuế GTGT. Vì vậy, đáp án đúng là 'Không bao gồm thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra'.

Doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp (tức là tính thuế GTGT trên giá trị gia tăng) không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Vì vậy, thuế GTGT đầu vào (của hàng hóa, dịch vụ mua vào) sẽ được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN. Thuế GTGT đầu ra (của hàng hóa, dịch vụ bán ra) là một phần doanh thu và được tính vào doanh thu chịu thuế TNDN.

Đáp án đúng là B. Khi bán hàng hóa có giảm giá, theo quy định hiện hành, hóa đơn phải được lập theo đơn giá bán chưa giảm và ghi riêng một dòng số tiền giảm giá. Điều này giúp minh bạch thông tin về giá gốc và khoản giảm giá, phục vụ cho mục đích kê khai thuế và quản lý bán hàng. Các phương án A, C và D đều không đúng với quy định này.