Mục têu chính của các nghiên cứu chùm bệnh là:

Nghiên cứu tương quan chủ yếu được sử dụng để khám phá và mô tả mối quan hệ giữa các biến số. Mục tiêu chính là xác định xem có mối liên hệ nào giữa các biến số này hay không và mức độ liên hệ đó mạnh đến đâu. Từ đó, nghiên cứu tương quan có thể giúp hình thành giả thuyết về mối quan hệ nhân quả có thể được kiểm định trong các nghiên cứu khác (như nghiên cứu thử nghiệm). Do đó, đáp án chính xác là "Hình thành giả thuyết nhân quả". Các đáp án khác không phù hợp vì kiểm định giả thuyết nhân quả đòi hỏi các thiết kế nghiên cứu khác (ví dụ: thử nghiệm lâm sàng), dự phòng cấp II là một loại can thiệp, và can thiệp trên cộng đồng cũng vậy.

Nghiên cứu thuần tập (cohort study) là phương pháp nghiên cứu theo dõi một nhóm người theo thời gian để xác định mối liên hệ giữa các yếu tố nguy cơ và bệnh tật. Nghiên cứu thuần tập cho phép xác định thứ tự thời gian của các sự kiện, từ đó có thể suy ra mối quan hệ nhân quả (nguyên nhân - kết quả) giữa yếu tố nguy cơ và bệnh tật. Các loại nghiên cứu khác như nghiên cứu ngang, nghiên cứu tỷ lệ hiện mắc và nghiên cứu sinh thái thường không thể xác định được mối quan hệ nhân quả một cách rõ ràng như nghiên cứu thuần tập.

Nghiên cứu bệnh hiếm gặp đòi hỏi thiết kế phù hợp để thu thập thông tin chi tiết và xác định các yếu tố nguy cơ tiềm ẩn. Trong các lựa chọn được đưa ra:

- Nghiên cứu trường hợp: Thích hợp cho bệnh hiếm gặp vì nó tập trung vào việc phân tích sâu các trường hợp cá nhân, cho phép nhận diện các đặc điểm và yếu tố liên quan.
- Nghiên cứu thuần tập: Khó thực hiện với bệnh hiếm gặp vì cần một lượng lớn người tham gia để có đủ số lượng ca bệnh.
- Nghiên cứu chùm bệnh: Phù hợp để điều tra sự gia tăng bất thường của một bệnh cụ thể trong một khu vực hoặc thời gian nhất định, nhưng không phải là lựa chọn tối ưu cho việc nghiên cứu bệnh hiếm nói chung.
- Nghiên cứu bệnh chứng: Thích hợp cho bệnh hiếm gặp vì nó so sánh các trường hợp bệnh với nhóm chứng không mắc bệnh, giúp xác định các yếu tố nguy cơ có thể liên quan.

Do đó, cả nghiên cứu trường hợp và nghiên cứu bệnh chứng đều phù hợp, nhưng nghiên cứu trường hợp thường được sử dụng hơn trong giai đoạn đầu để mô tả bệnh và tạo giả thuyết. Nghiên cứu bệnh chứng hiệu quả hơn trong việc kiểm tra các giả thuyết cụ thể về yếu tố nguy cơ. Tuy nhiên, vì chỉ có một đáp án đúng duy nhất, và "Nghiên cứu trường hợp" là phương pháp tiếp cận ban đầu và mô tả tốt nhất cho việc nghiên cứu một bệnh hiếm gặp khi ít thông tin được biết đến, nó là đáp án phù hợp nhất trong bối cảnh này.

Thiết kế nghiên cứu thuần tập (cohort study) là một nghiên cứu quan sát theo dõi một nhóm người (thuần tập) trong một khoảng thời gian để xác định xem các yếu tố nguy cơ hoặc phơi nhiễm có liên quan đến việc phát triển một bệnh hoặc kết quả cụ thể nào đó hay không.

1. Nghiên cứu bệnh hiếm: Nghiên cứu bệnh hiếm thường khó thực hiện với thiết kế thuần tập vì số lượng người mắc bệnh trong một quần thể thường nhỏ, đòi hỏi cỡ mẫu lớn để có đủ số ca bệnh để phân tích. Tuy nhiên, nếu có một yếu tố phơi nhiễm đặc biệt nghi ngờ gây ra bệnh hiếm, nghiên cứu thuần tập có thể được xem xét nếu có thể xác định và theo dõi một nhóm người phơi nhiễm với yếu tố đó.

2. Khảo sát bệnh có ít dấu hiệu lâm sàng: Nghiên cứu thuần tập không đặc biệt phù hợp với các bệnh có ít dấu hiệu lâm sàng vì mục tiêu của nghiên cứu thuần tập là quan sát sự phát triển của bệnh theo thời gian, điều này sẽ khó khăn nếu bệnh không có dấu hiệu rõ ràng.

3. Nghiên cứu phát hiện bệnh sớm: Nghiên cứu thuần tập có thể được sử dụng để nghiên cứu các yếu tố liên quan đến việc phát hiện bệnh sớm, nhưng đây không phải là ưu điểm chính của thiết kế này.

4. Đo trực tiếp số mới mắc: Một trong những ưu điểm lớn nhất của nghiên cứu thuần tập là khả năng đo lường trực tiếp tỷ lệ mắc bệnh (incidence rate), tức là số ca bệnh mới phát sinh trong một khoảng thời gian nhất định trong nhóm thuần tập. Điều này đặc biệt hữu ích khi muốn xác định mối quan hệ nhân quả giữa yếu tố phơi nhiễm và bệnh tật.

Vì vậy, đáp án phù hợp nhất là đo trực tiếp số mới mắc.

Nghiên cứu bệnh chứng là một thiết kế nghiên cứu dịch tễ học quan sát, thường được sử dụng để nghiên cứu các bệnh hiếm gặp. Nó bắt đầu bằng việc xác định các trường hợp mắc bệnh và một nhóm đối chứng không mắc bệnh, sau đó so sánh tỷ lệ phơi nhiễm giữa hai nhóm.