Quá trình lên men trong quy trình sản xuất Kefir thực hiện ở điều kiện:

Rượu nếp được làm bằng cách sử dụng nấm men (Saccharomyces cerevisiae) và nấm mốc (Aspergillus sp, Rhisopus) để chuyển hóa tinh bột trong gạo nếp thành đường, sau đó chuyển hóa đường thành rượu. VSV cố định đạm Annabaena Azollae không tham gia vào quá trình này, chúng sống cộng sinh với bèo hoa dâu và có khả năng cố định đạm.

Vi khuẩn lactic là vi khuẩn kỵ khí tùy tiện hoặc kỵ khí bắt buộc. Trong điều kiện kỵ khí, chúng sử dụng axit piruvic hoặc axetaldehit làm chất nhận electron cuối cùng trong quá trình lên men lactic để tạo ra axit lactic hoặc etanol. Do đó, oxi không phải là chất nhận electron cuối cùng trong chuỗi chuyền điện tử ở dị hóa của vi khuẩn lactic.

Lên men lactic dị hình tạo ra acid lactic, ethanol, CO2 và các hợp chất hữu cơ khác như diacetyl, acetoin và các este. Các este này được hình thành từ phản ứng este hóa giữa acid hữu cơ và alcohol, tạo ra mùi thơm đặc trưng cho sản phẩm lên men. Vì vậy, các sản phẩm phụ tương tác với nhau tạo thành các ester có mùi thơm là đúng.