Căn cứ ấn định thuế bao gồm:

Người nộp thuế nộp thuế theo phương pháp kê khai bị ấn định thuế trong các trường hợp sau:

* Không phản ánh hoặc phản ánh không đầy đủ, trung thực, chính xác số liệu trên sổ kế toán để xác định nghĩa vụ thuế; Không xuất trình sổ kế toán, hoá đơn, chứng từ và các tài liệu cần thiết liên quan đến việc xác định số thuế phải nộp trong thời hạn quy định.
* Mua, bán, trao đổi và hạch toán giá trị hàng hoá, dịch vụ không theo giá trị giao dịch thông thường trên thị trường.
* Có dấu hiệu bỏ trốn hoặc phát tán tài sản để không thực hiện nghĩa vụ thuế.

Do đó, đáp án đúng là "Tất cả các phương án nêu trên."

Theo quy định của Luật Quản lý thuế, khi hồ sơ hoàn thuế chưa đầy đủ, cơ quan quản lý thuế phải thông báo cho người nộp thuế để hoàn chỉnh hồ sơ trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ.

Theo quy định hiện hành, hồ sơ miễn thuế, giảm thuế có thể được nộp trực tiếp tại cơ quan quản lý thuế, qua đường bưu chính hoặc bằng giao dịch điện tử. Do đó, phương án "Tất cả các phương án nêu trên" là đáp án chính xác nhất.

Cục Thuế không thụ lý giải quyết khiếu nại trong trường hợp này là sai. Theo quy định của pháp luật về khiếu nại, người khiếu nại có thể ủy quyền cho người khác thực hiện việc khiếu nại. Trong tình huống này, Giám đốc công ty B đã ủy quyền bằng văn bản cho Phó Giám đốc, và việc ủy quyền này có đầy đủ chữ ký và đóng dấu của công ty, do đó Phó Giám đốc có đầy đủ thẩm quyền để thực hiện khiếu nại thay cho Giám đốc. Vì vậy, việc Cục Thuế từ chối thụ lý đơn khiếu nại với lý do Giám đốc bận là không phù hợp với quy định của pháp luật.