Một trong những phương pháp quan trọng để xác định khối lượng phân tử protein:

Phương pháp siêu ly tâm phân tích là một kỹ thuật quan trọng được sử dụng để xác định khối lượng phân tử của protein và các đại phân tử khác. Nó dựa trên việc đo tốc độ lắng của các phân tử trong một trường ly tâm mạnh, từ đó suy ra khối lượng phân tử của chúng.

Phương pháp ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) là một xét nghiệm miễn dịch enzyme thường được sử dụng để phát hiện và định lượng các chất, chẳng hạn như kháng thể, kháng nguyên, protein và hormone. Nó không trực tiếp xác định khối lượng phân tử.

Phương pháp điện di cực (Isoelectric focusing) là một kỹ thuật điện di được sử dụng để tách các protein dựa trên điểm đẳng điện (pI) của chúng. Nó không trực tiếp xác định khối lượng phân tử.

Phương pháp dùng màng thấm giả (Dialysis) được sử dụng để tách các phân tử nhỏ khỏi các phân tử lớn hơn trong dung dịch bằng cách sử dụng một màng bán thấm. Nó không trực tiếp xác định khối lượng phân tử.