Hàng hóa thuộc diện được miễn kiểm tra thực tế mà phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì:

Luật Hải quan là văn bản pháp luật chính quy định về thuế hải quan ở Việt Nam. Luật này quy định chi tiết về các loại thuế, đối tượng chịu thuế, căn cứ tính thuế, thủ tục kê khai, nộp thuế, và các vấn đề liên quan đến quản lý thuế hải quan.

Khi nhập khẩu xe ô tô nguyên chiếc, công ty thương mại phải chịu các loại thuế theo trình tự sau:

1. Thuế nhập khẩu: Đây là loại thuế đầu tiên phải nộp khi hàng hóa nhập khẩu vào Việt Nam.
2. Thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB): Xe ô tô là mặt hàng chịu thuế TTĐB. Thuế này được tính trên giá đã bao gồm thuế nhập khẩu.
3. Thuế giá trị gia tăng (GTGT): Đây là loại thuế cuối cùng phải nộp, tính trên giá đã bao gồm thuế nhập khẩu và thuế TTĐB.

Do đó, đáp án A là chính xác.

Theo quy định, hàng hóa thuộc đối tượng kiểm tra chuyên ngành phải được lưu giữ trong địa bàn hoạt động hải quan cho đến khi được thông quan. Điều này đảm bảo cơ quan hải quan có thể thực hiện các thủ tục kiểm tra cần thiết và đảm bảo tuân thủ các quy định của pháp luật trước khi hàng hóa được phép nhập khẩu hoặc xuất khẩu.

Theo quy định, hàng hóa thuộc diện được miễn kiểm tra thực tế, nhưng nếu phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì vẫn phải được kiểm tra thực tế để xác minh thông tin và xử lý vi phạm (nếu có). Do đó, đáp án A là chính xác nhất.